Como obispo auxiliar, don Juan Manuel fue elegido Presidente de la Comisión Episcopal de Pastoral Bíblica, función que desempeñó del 2004 al 2006. En octubre del 2005 fue elegido representante de los Obispos mexicanos para el Sínodo de la Eucaristía celebrado en Roma. El 8 de noviembre de 2005 Su Santidad Benedicto XVI lo designa para la Diócesis de Ciudad Obregón, convirtiéndose en el quinto Obispo de dicha Diócesis, cargo que tomó el 12 de enero de 2006. Para el Trienio 2007-2009 fue elegido Representante de la Provincia Eclesiástica de Hermosillo y Responsable de la Dimensión Pastoral Bíblica.

El 18 de junio de 2009 S.S. Benedicto XVI lo nombra Obispo de Texcoco y toma posesión de la Diócesis el 12 de agosto del mismo año. Posteriormente, en noviembre de 2012, durante la XCIV Asamblea Plenaria Episcopal, fue nombrado para el trienio 2012-2015, Presidente de la Pastoral Profética y representante de los Obispos en Roma para la Nueva Evangelización.

En su encomienda como pastor de la diócesis de Texcoco ha dado impulso al Plan Diocesano de Renovación Pastoral, a la organización de las acciones por niveles, destacando los trabajos de la pastoral de adolescentes, juvenil y universitaria, así como la formación de los diversos agentes y el fortalecimiento de las estructuras pastorales. Un punto muy importante ha sido el ocuparse de la formación permanente del presbiterio y de los institutos de vida consagrada.

Durante su homilía en la misa de aniversario, el obispo comentó: “Dios es infinito, quiere sobretodo depositar su gracia en las personas, y Dios tiene misiones inimaginables para todos nosotros, Dios tiene un verdadero camino, y una función para cada uno (…) y hemos de recogerla con veneración, gratitud y un gran compromiso”.

“En el mundo nadie se ha preocupado, a nadie le interesa quitar el pecado; le interesa saber los pecados, aprovecharse de los pecados ajenos, utilizar los pecados ajenos para mil cosas, desde la auto justificación hasta el negocio. ¡Cómo se han hecho negocios con la difamación, con la calumnia, con la distorsión, con la exageración de las faltas ajenas! Es un gran negocio, es una delicia para mentes perversas y enfermas gozar por el pecado ajeno.

Jesucristo, vino a quitar, a santificar, a purificar, a borrar, a destruir pecados; porque con los pecados no hay Dios, con los pecados no hay amor, con los pecados no existe la paz, con los pecados nadie progresa… no somos felices.

Demos gracias a Dios porque nos ha regalado a este personaje tan bello y querido para la Iglesia, tan significativo, tan profundamente valioso, para que su espiritualidad sea una luz que no se pierda jamás en nuestra vida”.